Подскажите пожалуйста какие налоги платит по ИП нерезидент, обладающий статусом ВНЖ Казахстана !

Такие же, как и простые граждане Пенсионка: по иин платится в пенсионный фонд, там счет обычно автоматом открывается.

При получении ВНЖ и проживании свыше 183 дней вы становитесь становится в целях налогообложения резидентом РК и уплачивает ИПН по ставке 10% с доходов на территории РК. По деятельности в качестве ИП, зарегистрированного на территории России и продолжающейся без вас деятельности такого ИП на территории России, налоговых обязательств на территории РК не возникает. На территории РФ ваше ИП платит 30% НДФЛ если вы на общей системе (потому что стали нерезидентов для РФ, для резидентов 13%), если ИП на УСН то остаются 15% с Доходы минус расходы или 6% с Доходы. Если ИП на патенте - платите патент.