Подскажите, когда лучше ехать в Таллин днём, утром, ночью? Мне не принципиально, но может ночью очередь побыстрее идёт?

Туда/обратно ездила ночью и на обеих границах было пусто , кажется, днём такого не бывает.

Зависит от вашего способа передвижения.

Ночью быстрее конечно.

Ночью сильно быстрее, приехал один раз на час быстрее указанного в расписании на люксе.