Если по ПП не делать выезд на ПМЖ в РК и при этом оформить ВНЖ в РК, не будет ли со стороны РФ штрафа и претензий т. к мы обязаны прожить в регионе РФ три года?

Ну у вас же временная регистрация будет.... сделайте ее на три года... А потом в регионе прожить 3 года надо если вы берете подъемные и срок считается от даты активации книжки.