два действующих российских паспорта, тот что с шенгенской визы лежит в консульстве, я оплатил доставку паспорта до России, могу вернуться по другому действующему российскому паспорту?

Скорее всего да, но это не точно .

Вернуться, наверное, можете. Потом проблемы с шенгеном будут. При посадке на рейс проверяют наличие визы и убеждаются, что вы не нарушили правила нахождения в стране.

Я возвращалась так из израиля) сделайте фото визы с собой только, ну и может придётся объяснить.