Подскажите к чему готовиться в такой ситуации? Дано: заканчивается срок в 60 дней. За три дня до окончания мы подаём документы на икамет.

Такие тонко хитрые вопросы лучше узнавать непосредственно в миграционной, попробуйте позвонить им на горячую линию 157 номер с турецкого телефона и узнать, там есть выбор русского.

Насколько я понимаю, заехать сможете, но не на 30 дней, а меньше, за вычетом дней вашего легального оверстея. Правило ведь гласитт что «максимум 90 дней в 180 дневный период», а не что вам именно 30 дают на втором въезде. Вы можете вообще выехать и вернуться, тем самым получив возможность находиться оставшуюся часть от ваших 90 разрешенных дней(больше 30 на данный момент).