Подскажите пожалуйста, у меня двойное гражданство, какое выбрать в качестве основного для профиля ЕЕ? Есть какие-то правила или любое можно выбрать?

Требования заявлять какое-то одно гражданство нет. При заполнении опросника будет вопрос, есть ли у вас второе гражданство. Ответите, что да и укажете, какое именно. Также ничего не мешает загрузить оба паспорта.