на Кипре есть решения по электронному бухучету и сдаче налоговых документов для юр лиц или это можно только через бухгалтерские компании делать?

Taxisnet если в себе уверены... Коммерческих оболочек не встречал.

Вы можете приобрести бухгалтерские программы и вести учет самостоятельно, если есть соответствующие знания. Ежегодный аудит для юр лиц нужно в любом случае отдавать аудиторам.