Подскажите пожалуйста, при повторной подаче диплома на апостиль в другой регион гос. пошлина снова оплачивается? Пришёл отказ (СПб).

Да. разные регионы имеют разные счета, перезачет есть только в пределах региона.

И на всякий случай во избежание повтора, выясните причину отказа, чтобы не повторилась ситуация.