Заполняю Personal history в онлайн заявке на PR. В графе Status in country нужно вписать Permanent resident так как в то время у меня был ВНЖ в РФ.

ВНЖ - это не permanent residence (permit), это temporary residence permit. Сколько там всего символов? Вы можете написать "temporary residence" или "residence permit" или "temp. residence permit", или вообще "TRP", а в LoE уже подробно объяснить ваш статус.