Когда понадобится подавать документы, и в том числе референсы, в консульство для получения рабочей визы, пройдёт ли скан или нужен оригинал?

Если Вы про Россию, то в связи с пандемией ВЦ прекратили приём бумажных заявлений. все через сайт, онлайн.

Документы обычно подаются онлайн на ворк пермит. Если у вас не какой-то особенный случай, который обязует вас подать бумажные документы, вам оригиналы нужны не будут. Максимум - можете распечатать потом письмо для пакета, который могут офицеры на границе проверить, то скорее всего, и это не понадобится.