Пришёл ответ из департамента, что транзит в Калининградскую область через эстонию с эстонской визой возможен при наличии документов.

Нене, к месту проживания. Те прописка и собственность в КО.

@Svetlana: То есть эстонцы будут проверять нашу прописку и документы на собственность?

@Irina: Да. Ну и стандартная, фраза что на усмотрение пограничника.

@Svetlana: Но здесь ньюанс что нужно выехать. Если они потом увидят, что не выехал в Калининградскую - будут проблемы, обман пограничника.