А школы где два языка, там как учат, уроки на кыргызском или это отдельный предмет?

Отдельный предмет. Если школа русская, то Кыргызский язык отдельный предмет. Если школа Кыргызская то наоборот.

И в кыргызской, и в русской школах есть отдельные предметы "Русский язык", "Русская литература", "Кыргызский язык" и "Кыргызская литература".

Либо кыргызский язык, либо русский обучения. В любом случае в обязательном порядке дисциплина - кыргызский язык по программе с 1 или 2 класса, с 5 класса Адабият (кыргызская литература).