Если я в ЕЕ написал должность Construction Engineer, а в reference letter перевели как Civil Engineer, это будет считаться как несоответствие или пройдёт?

Важны обязанности, а не название.

Так поменяйте в ЕЕ, это несложно.

Если я правильно помню, то название профессии не так важно, как те функции, которые вы выполняли в рамках профессиональной деятельности и которые были перечислены в вашем референсе.

Я бы просто попросила переделать перевод, пусть напишут Construction Engineer. NOC действительно определяется по обязанностям, и название не важно, но я бы просто для успокоения сделала бы, чтобы и в референсе, и в ворк хистори были одинаковые названия, все-таки у вас просто перевод некорректный по сути.