Подскажите, при перевыпуске заграна и аннулировании старого заграна аннулируется ли регистрация, сделанная на старый загран?

Во внутреннем рос паспорте у вас должна быть печать с данными о выданных вам загранах, в том числе о старом. Если она у вас есть, то будет вашей связкой, мол, эта регистрация действительно выдана вам на ваш документ.