кто-нибудь летал по маршруту Москва-София? Какой самый экономичный вариант, через Стамбул или как-то ещё? Какими авиакомпаниями может тоже сразу подскажете? Стамбул-София лучше самолётом или есть вариант поезда/автобуса?

Про Стамбул. Поезд сейчас не ходит. Автобус, безусловно, самый дешёвый вариант, самолёт - самый быстрый, индивидуальный трансфер - самый гибкий. А что для Вас является критерием "лучше", вы не сказали Как альтернатива - можно, например, через Белград или через Дубай - но пока не закрылся коридор через Стамбул, смысла в этом не много. Это если из Новосибирска какого-нибудь лететь - там может быть смысл лететь через Дубай, хотя и дольше.