Если получен шенген Испании, то лучше туда сначала и лететь, а потом автобусом, например, в Португалию? Или, можно сразу в Пт и проблем не будет?

Лучше слетать в Испанию. Сейчас сложная ситуация, поэтому создавайте себе хорошую визовую историю. Хотя полёт сразу в Португалию ничего не нарушает.