Скажите пожалуйста, если гражданин РФ с временной регистрацией в Киргизии, пересекает границу РФ , то аннулируется ли прописка?

Нет, не аннулируется. По прибытию у вас есть два варианта пребывания: 1 продолжать проживание по предыдущей регистрации 2 находиться на территории кр до 30 дней с момента пересечения границы и сделать новую регистрацию.