в чем минус автобусов с пересадкой из эстонии в рф?

Если коротко: до Нарвы едете в одном автобусе (скорее всего для него это конечная), дальше - на местном (тот же перевозчик, тоже комфортный)

Как вариант - на ваш автобус уже куплен билет от Нарвы до Таллина, поэтому могут только до Нарвы продать билет. А потом пересядете на тот, где есть места (или местный, или где до Нарвы кто-то едет)