подскажите, не будет ли проблем с въездом в Эстонию с водительским удостоверением РФ старого образца?

Ну права вроде не проверяют, по крайней мере у меня ни разу не спрашивали.

Теоретически не соответствует стандарту (нет нумерованных полей с дублированием латиницей), но эстонцев может устроить.

Не будет.

Пересекали границу с такими правами пару недель назад. Вообще никого ничего не смутило. Единственное, ехали на своей машине, с прокатом могут быть проблемы, наверное.