Муж ( еврей по матери) хочет репатриироваться в Израиль с дочерью и со своей мамой ( еврейкой по матери). Я с сыном не подаемся пока. Я русская. Мы в законном браке. Могут ли мужу отказать из-за того, что мы остаемся в России?

Могут. Зависит от консула. Консул может подумать что муж ща паспортом и обратно, а не строить жизнь в Израиле. Более того проблемы 100% возникнут у вас когда вы захотите гражданство израиля - у вас нет права на репатриацию, вы будете проходить процедуру ступро. Читайте в гугле.

И мужу могут отказать, и вы потом не получите гражданство, если не едете сразу вместе с ним.