кто-нибудь ездил из Эстонии в РФ именно на лечение, имея приглашение от клиники? В этом случае надо сидеть на самоизоляции 14 дней?

Карантин сидеть надо. Но можно попробовать договориться с клиникой и пройти карантин там (указать адрес клиники на границе). Получается карантин совмещается с лечением. К стоматологам это, конечно, не относится.