Скажите, пожалуйста, можно приехать в Киргизию по одному паспорту, а уехать по другому, где нет штампика? Это не будет проблемой?

Можно, но могут докопаться с вопросами.

Я так делал.

Желательно по которому въезжали по тому и выезжать надо а то могут быть вопросы.