Основания по-прежнему нужны для въезда в Эстонию из РФ (нужно еще делать бронь в СПА)?

Нет.

Через три дня вообще ничего не нужно будет.

Для въезда в Эстонию нужна цель визита, если на 1 день то нужно устно указать что посещать будете и билеты показать, если ехать надо. А если на несколько дней, то требуют подтверждение проживания, билеты туда и обратно, могут спросить финансы.