Кто-нибудь знает на тему правил перевоза животных в Эстонию, почему именно после вживления микрочипа вакцинация должна быть?

Потому что животное можно идентифицировать.

Это можно сделать и в один день. Но в вет. паспорте штамп о чипе и наклейка должен быть перед вакциной. После вакцинации подождать 21 день, и можно перевозить животное. Обычно ветеринары располагают информацией, подскажут, как надо правильно сделать. Для некоторых стран нужно ещё глистогонить (в ветеринарке с записью в вет. паспорте), тоже лучше уточнить заранее.