при поездке на Lux из Питера в Таллин, можно ли на границе забрать чемодан в случае задержки, и ехать самостоятельно?

Как только пройдёте контроль, можете не ждать весь автобус, а выходить в город и добираться дальше самостоятельно. Для справки - такси до аэропорта Таллин 200€, это такса у них такая.

Не забудьте только водителя предупредить, чтобы Вас потом не искали.

Да.