Я везу лекарства из Италии, взяла рецепт у врача, чтоб в Эстонии показать на границе ( вдруг спросят) так же можно?

Да, конечно. И вас вряд ли эстонцы по поводу лекарств будут смотреть. Скорее, Россия. В России просто много запрещённых к ввозу препаратов. Классика: многие сиропы от кашля, которые в ЕС разрешены детям, в Россию нельзя, потому что там запрещённое в России вещество (можно сесть на пять лет за сироп от кашля).