Т. к. Эстония не даёт вывезти евро обратно в Россию, я могу часть в евро взять и часть в рублях? В Таллине есть обмен рубли-евро? Если отель забронирован, но не оплачен, это не будет проблемой при переходе границы? Есть билеты туда-обратно.

Можно взять в любой (конвертируемой в Эстонии) валюте, в рублях ок, в Нарве/Таллине есть обменники.

Берите в долларах, меняйте по необходимости. А то что останется просто в долларах привезёте обратно. Если он не оплачен у вас должна быть наличка плюсом на его оплату.