Скажите , если ехать из РФ транзитом через эстонию в германию на машине , каким образом в германии будут (и будут ли) контролировать самоизоляцию ?

Если Вы въезжаете в Германию из страны ЕС и на границе Германии не было контроля (он редко, но бывает), то никто в Германии не будет знать, откуда Вы приехали. Я так приехала в Германию через Финляндию в июле.