Как вы думаете, если вылететь из России по загран паспорту, а влететь в Армению с обычным паспортом, то потом проблем не будет? Вспомнил, что у меня в загране есть азербайджанский штамп, билеты на загран оформлены. Не хочу рисковать.

Так не получится. В Армению можно влететь по внутреннему российскому паспорту только из России. И билет должен быть оформлен на внутренний паспорт в таком случае Знакомые прилетали в прошлом году с азербайджанским штампом, всё было в порядке. Но в Армении пограничник может начать задавать вопросы из серии «а что вы там делали? », вы просто скажите про туризм и так далее, только не хвалите страну/культуру/кухню, а то это чувствительная тема для армян .