агентство "Сохнут" и отдел репатриации - это разное? Можно ли будет после закрытия агентства подаваться на репатриацию в посольстве в Москве?

Это разное, Сохнут занимается покупкой билетов, например, когда вы прошли КП)

Сохнут это российская дочка Маром. А отдел репатриации это отдел в посольстве Израиля в Москве или Питере.