Как осуществляется пограничный контроль с обеих сторон и успеет ли гражданин РФ пройти его до выхода из поезда, если он едет на Аллегро из СПб до Вайниккалы?

У меня 7.03 было так: проверка документов на входе на посадку в поезд, затем рос. пограничники, затем рос. таможня, после пересечения границы - финские пограничники. Все на месте.

В вашем случае финский пограничный контроль будет на самой станции в здании вокзала.