Если скрипка моя личная (будет с собой экспертное заключение, в нем имя владельца), вопросов не будет на границе РФ-Эстония?

А где Вы про ограничение на ввоз прочитали? Запрещено вывозить свежеприобретенные муз. инструменты из ЕС, если стоимость выше 1500 евро. У Вас - не приобретение, а личная вещь. Если достаточно дорогая - можете задекларировать при вывозе на обеих границах.