Если на сайте написано, что автобус идёт из СПб до Таллина условно 6 часов, то нужно к этому времени заложить ещё пару часов на прохождение границы?

+ 2-5 часов.

Водители предупреждают, что средняя продолжительность около 11 часов, включая переход границы. А по факту, как повезёт) Сегодня ночной рейс ехал 7,5 часов и прибыл ровно по расписанию (21: 30-5: 00)

Вчера проходила границу Нарва-С-П - границу прошли за 4 часа, туда - за два, как повезет. Сама дорога занимает 5,5-6 часов.

С 28 на 29 июля автобус пришел в Таллинн на час раньше! Вместо 5 утра - в 4! Так что, предугадать невозможно.