Можно ли проехать транзитом через ЕС и какие страны, в Молдову на авто РФ, оформленном на российский паспорт, если есть гражданство РФ и Молдовы, паспорт Молдовы действующий с биометрией?

Вы в любом случае на российской границе показываете российский паспорт, а на границе Евросоюза молдавский, никто не сравнивает эти документы при пересечении границы. На российской таможне не увидев визы, просто спросят есть ли второй документ и все, предъявлять его не нужно. Наличие биометрического паспорта РМ даёт право находится и пересекать границы европейских стран. Единственно не подскажу особенности пересечения границы на машине РФ.

Ехала из Москвы в Молдову 13 июля. Машина на российских номерах. Загранпаспорт молдавский. Ехали через Белоруссию, Литву, Польшу, Словакию, Венгрию, Румынию. Проболели нет никаких. Выезд из Беларуси платный в пределах 11 евро. Дороги по Словакии и Венгрии на 10 дней 27 евро. В Румынии венета на 7 дней 4 евро. Это если коротко.