Физическое присутствие собственника недвижимости с документами на недвижимость во время подачи моих документов на паспорт - это единственный способ оформить прописку для оформления гражданства Молдовы?

нет Регистрация по месту жительства или по месту временного пребывания осуществляется на основании заявления, к которому прилагаются следующие документы:

удостоверение личности гражданина Республики Молдова или временное удостоверение личности;

документ, подтверждающий право собственности. Предoставление документов, подтверждающих право собственности на жилье, не является обязательным, если данная информация зарегистрирована в Реестре недвижимого имущества;

согласие о регистрации в жилом помещении собственника или сособственников жилья, поданное в письменном виде в присутствии лица, ответственного за прием заявления, или заявитель представляет соответствующее заявление, заверенное нотариусом

ходатайство о регистрации в жилом помещении, поданное собственником или совладельцами жилья

Если собственник женат/замужем, то нужно присутствие обоих. И да, они нужны на 15 минут. Летом делала булетин, хорошо заранее заехали узнать что нужно, а то развернули бы.