Правильно ли я понимаю, что если и я, и жена создадим свой профиль для подачи документов на EE, нам нужно указать второго члена семьи как dependent’a?

Создайте каждый по профилю с депендантом, потом кто из вас пройдет по FSW - тот и будет подаваться на иммиграцию А если у вас подходящие ноки, то вас может выбрать онтарио из пула например. Так что лучше пусть у обоих будет по профилю, мало ли.