Так как с России по земле не выпускают в Эстонию, то вопрос собственно, нужно указать Латвию первой страной, если через неё собираешься вьезжать на самолёте на территорию Ес? А потом Рига Таллинн рейс в тот же день.

Вы же не выходите в Риге, вы остаётесь в зоне транзита, поэтому первой будет Эстония.

Насколько я это понимаю, при транзите через Ригу или Хельсинки человек не пересекает границу ЕС в тех аэропортах.

Если вы летите в Таллин через Ригу, то это считается транзитом. Страна въезда - Эстония.