\Смогу ли я после получения ITA обновить данные загранпаспорта в профиле? Или можно загрузить и старый и новый, и в LOE дать объяснение, что обновил паспорт?

Да не надо никаких объяснений, просто оба паспорта подгружаете. А вы уверены, что с 478 баллами попадете в выборку? Выборок не было давно, и в пуле очень много кандидатов с баллами 500+.