Если лететь с багажом москва-стамбул аэрофлотом и далее в эркан туркишами, в новом аэропорту стамбула нужно получать багаж во время пересадки?

Если разные авиакомпании, как правило всегда надо забирать багаж.

Вам надо уточнить при регистрации на рейс. В моем случае я летела по единому билету Минск-Стамбул - Подгорица. Сразу в Минске дали 2 билета Минск-Стамбул (Белавиа), Стамбул - Подгорица (Туркиши), так как есть соглашение между авиакомпаниями, багаж не надо было получать, сразу следуете в транзитный зал, багаж получила в Подгорице.

Да, если у вас не перелёт куплен у одной авиакомпании с пересадкой в Стамбуле.