А с визой С лететь (покидать Испанию) тразитом через Женеву это нарушение?

Не должно быть нарушением. Швейцария не ЕС же. Выезжать с просроченными днями через другую страну ЕС чревато. Вот пустят ли вас туда? Это я не утверждаю, но читал, что там есть условия въезда.