Подскажите, пожалуйста, планируется въезд в Эстонию по работе из России (автобус). Въезд на основании специального разрешения — какое разрешение имеется ввиду? Какое-то письмо от приглашающей организации?

Да, любой подтверждающий документ.

Бумага от приглашающей организации, ну и соответственно рабочая виза.

Вам это нужно для эстонских пограничников или для российских?

А Вы реально работать в Эстонии собираетесь или Вам это только для въезда нужно и каких-то переговоров? Если реально собираетесь работать, то нужно делать рабочую визу, по ней Вас пустят даже с ПЦР (но с самоизоляцией после въезда). А если это разовый въезд и рабочей визы у Вас не будет, то могут не пустить только с ПЦР без вакцинации. Попробуйте сделать запрос в ppa с подробным обоснованием, но гарантий одобрения нет.