Возможно прервать СИ ? Допустим провести в Эстонии 5 дней и вернуться в Россию ? На автомобиле.

Написано, что в экстренных случаях да, можно. В любом случае удерживать насильно никто не будет, но сообщат в департамент здоровья.

Если хотите, чтобы все было полностью легально и у Эстонии к Вам претензий не было, то, в соответствии с распоряжением 282, Вам нужно перед отъездом сдать еще один ПЦР-тест и с отрицательным результатом можете возвращаться.