Надо из России, окрестности столицы, на пару тройку дней смотаться в Таллинн, какой способ наиболее щадящий? Эстонское гражданство. Самолёт, поезд, машина... За ситуацией не следил.

Поезд до СПб и автобус. Поезд до Пскова, и там до Койдулы.

Единственно возможный из предложенных вами - машина.

Поезд до Питера, дальше на маршрутке до Ивангорода, либо на люкс экспрессе до точки назначения. Самый простой вариант, по крайней мере именно так и езжу.