У меня и ребенка есть оба гражданства, но живем мы постоянно в РФ, может ли жена получить визу в упрощенном варианте или Шенген она делает любой страны на общих основаниях.

Теоретически есть вариант получить визу на границе ей как члену семьи гражданина ЕС, прецеденты были, но это нужно узнавать. Но лучше, если не прямо завтра нужно, обратиться ей за визой в СПб (членам семьи граждан Эстонии по-моему бесплатно делают визу - быстро и без каких-либо проблем).