! Лечу из эржан в Минск, транзитом через стамбул, багаж оформлен до Минска, а посадочные талоны только до Стамбула.

Выходит, что нужно регистрироваться, раз вам сразу не выдали регистрацию до конечной точки. Посмотрите в личном кабинете, что с регистрацией на второй сегмент.