Подскажите, пожалуйста, автобусы от аэропорта до Бишкека ночью тоже ходят?

Нет. Вообще автобусов в привычном понимании даже днём нет. Днём ходят маршрутки. Но вы не переживайте, такси не такое дорогое, и вас там прям на выходе после получения багажа будет куча таксистов ждать.

Такси стоит около 500сом. Не дайте себя обмануть. Они ушлые и могут обмануть при виде иностранца. А так есть официальные такси аэропорта Манас.