Стоит ли ехать в Киргизию в начале сентября или погода уже не совсем летняя будет?

Днем может быть тепло +28. Ночью прохладно около +12.

Осень очень тёплая и красивая в горах тоже.

Нет, не стоит, после 20 чисел уже вода становится более прохладной.

Стоит. Я живу в Чолпон Ате. Погода прекрасная. Вода и сейчас несильно теплая. Цены упадут, народу почти не будет. Знающие люди или те у кого нет детей едут на озеро именно в это время.