При открытии ИП в Португалии и в дальнейшем подаче на визу Д2 , срок между подачей документов и получением ВНЖ составляет не менее 2 лет.

По правилам выезжать нельзя.

Д2 рассматривают по срокам как и Д7, мне говорили. Месяц-два. Запись в сеф тоже в течение 120 дней с момента получения. Почему 2 года?

У вас немного напутано - подача на визу Д2 происходит не в Португалии и сроки рассмотрения совсем не 2 года. Из Португалии вы не можете податься на визу, здесь вы подаетесь на ВНЖ, но тогда сроки такие, как вы говорите, и нельзя выезжать.