Что делать, если будет сокращение сроков сертификатов о вакцинации, если у меня 9 месяцев с момента вакцинации прошло?

Так а разве уже официально это принято при пересечении границы? Пока что на сайте МИДа год.

Напишите запрос в ppa. Или поищите в эстонских законах с какого числа эти 9 мес начинает действовать . Может еще проскочите.