Скажите пожалуйста, если мне нужно лететь во Францию, а лететь буду через Грецию и Визу будет выдавать Греция? Так меня пропустят во Францию?

Летите.

Только если забронируете разные билеты: 1) Москва-Афины; 2) Афины-Париж (напр. Орли); 3) Париж - Мадрид (напр. и в Мадрид в тот же день как бы). Только транзит, во Францию как бы нельзя. При посадке в на Париж попросят показать бронь следующего рейса. Как только видят на посадке паспорт РФ, так сразу кого-то зовут, миллион вопросов. Видимо на кого попадешь, никого пугать не хочу.